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在未来。

由于资源稀缺，在一次极其“偶然”的意外中，人类发现了一种新型的细胞，这种神奇的细胞可以与任何东西结合吞噬，有效利用可以产生无尽的能源供应。

然而灾难就是这么发生的。

人类却没有想到这是地球的清除机制，被命名为神谕细胞的这种“无尽能源”开始展现如同白细胞一样的功能，它们与机械，动物等结合，改变了它们的结构，变成一种全新的怪物——荒神。而这种荒神无视人类所有的武器，且自身拥有超强恢复能力与适应能力，其本能行为则相当简单：清除和吃掉地球上已经无法容纳的大量人类，最后全部死亡转化为新的资源和生命开启新的生命轮回。

灾难爆发后，大部分国家顷刻间灰飞烟灭。

后来以名为“芬里尔”极东支部的榊博士，索玛的父亲极东支部长以及支部长的妻子为首的三名科学家完成了神谕细胞的改造，将其移植到了部分武器上，终于能半有效的对抗荒神。但很快荒神强悍霸道的进化能力立刻对这种武器产生抗性。人类再次陷入绝望。

最终，榊博士提出了理论，从人体本身进行神谕细胞的融合。极东支部长与其妻子决定以自己即将出生的孩子为赌注，给其注射了神谕细胞——不顾榊的极度反对。妻子分娩过程中由于神谕细胞不可控性与吞噬性整个实验区被毁灭，最后活下来的只有极东支部长和奇迹般生下来的孩子——索玛。

索玛的诞生直接让人类与荒神本来一边倒的食物链关系产生变化。通过对索玛的数据监测和榊博士的理论，终于完成了人体改造，因而诞生了对荒神特化人类——噬神者。

荒神的弱点也被知晓——那就是核心，所有的荒神只要核心被摧毁就会真正意义导致这个荒神个体的“死亡”。摧毁的手段则是必须以毒攻毒，必须进行神谕细胞的吞噬才能摧毁。

噬神者能够模拟荒神的吞噬，使用神谕细胞特化的武器——神机，与荒神进行作战。关于神机使用条件，理论上一位噬神者只能用一台神机，且必须佩戴腕轮以保证神谕细胞的供给与稳定性。

——但是想成为噬神者非常困难，加上世界的资源依旧短缺并不丰厚，为了管控以及合理利用有限的资源，不得已将能成为噬神者的人与普通人分开，普通人需要在恶劣的野外每天担惊受怕的活着，而能成为噬神者的人及其家属都能在芬里尔的特化保护区内较为安全的生活。

随着时间流逝，人类与荒神开始竞争性的进化。人类方将“神机”成功改造成可变化式的二代神机，能够在枪与刀刃之间自由变化，但是能成为二代噬神者的又是一小部分人。荒神这边则是完成了种族的分化与进化，分成了多个种族，且它们之间能够靠互相吞噬进行更高层次的进化。

基于荒神的这种吞噬进化的特性，极东支部长确信能有一只荒神可以进化到人类的层面，而这只荒神必然是地球的最终“特异点”即吞噬所有荒神达成进化的最终荒神。

于是在极东支部内部就这样发生了第一代的故事。

支部长将自己亡妻遗留的所有物质作为“启动的核心”，并决定再次进行筛选，将精英中的精英搭乘火箭进入太空等待终末吞食的结束，也就是“圣盾”计划。“圣盾”简单说就是地球完成了“人类清除”这一目标之后，太空中幸存的剩余人类重新回到地球再次繁殖生存。

事实上，这个理论的最初提出者仍然是榊博士。可就在榊把这个理论告知他曾经的挚友——极东支部长的时候，他们产生了分歧。支部长不能等到地球自然清除人类，尽管荒神进化速度确实很快，但人类为了能活下去会不择手段，想自然清除人类要等上数千年可能都不会成功。对人类早就失望的他想提前人工诱发“终末吞食”，想做到这点就必须找到第一个进化成人类的荒神，即“特异点”。

而榊博士虽然是个理性主导的科学家，但他却有一颗浪漫主义的心，“是人类变成神，还是神变成人类，那么就来比比吧。”他想要找到特异点并进行观察，希望能找到，哪怕只有那么一丝的可能，共存的可能性。

于是竞争开始了，一次日常的任务执行中，希欧出现了。通过诱导，榊和第一小队（也就是一代主角所在小队）成功绕过支部长带回了希欧。可是另一边，发现支部长对外宣传的“神盾计划仅仅是为了构建更好的防御手段”完全是假话的原第一小队队长林道被支部长用计“杀死”。暗月·银成为了现任的第一小队队长，队友包括爱丽莎，浩太，橘咲夜，索玛。

随着日常的接触，作为第一个人形荒神的希欧逐渐学会了人类的行为，开始思考与克制本能，与队友们的羁绊也让她觉醒速度加快，在榊博士的引导下，她在与同样“非人类”的索玛接触的过程中慢慢产生了人类自古以来中最难以解释和描述的感情，缔结了几乎超越友情的羁绊。

遗憾的是世上没有不透风的墙。一代主角暗月·银接受了林道“死亡”后支部长安排的各种难度奇高的死亡任务，并成功存活下来——本以为这样就能瞒住支部长，最终还是被发现了希欧的存在，并最终抓获了希欧。

浪漫与现实的冲突，生存与死亡的较量。希欧的核心被终末捕食所吞噬，思妻心切的支部长与爱妻形成的人造荒神结合，成为了新的荒神个体，同时也是神盾最后的守门人——为了让终末捕食成功。然而他在结合前，依然劝他的儿子索玛登上火箭立刻离开地球——尽管打从一开始他就没给自己留过新世界的位置。

始料未及的是，觉醒了人类情感的希欧化为了花朵，把吞噬的对象变成了远在天边的月球，再加上第一小队的全员奋战，支部长被击败了。