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就在这种背景下，四世纪前后出现了部民制度和氏姓制度。所谓部民，是指皇室和贵族的私有民集团，身份介乎于农奴和奴隶之间。他们或者集体在皇室和贵族的田庄中劳作，或者定期前往皇室和贵族的家庭中、工房中从事生产和服务工作。部民最初的来源是奴隶、战俘、移民和罪犯，后来相当多本土公社自由民也加入其中。
在部民制度的基础上，逐渐建立起氏姓制度。中国古代以姓代表血缘，以氏代表身份，日本的氏姓制度则恰好相反。氏原本是指由血缘为中心组成的氏族公社，两级分化后，其首领即被称为氏上，对内主持对氏神的祭祀，裁决氏族内部纷争，对外则代表氏族与其它氏族或朝廷接触。姓原本是对氏上的尊称，后来逐渐成为大和王朝赏赐给氏上以区别其尊卑高下的一种称号。比如天皇的后裔往往赐姓臣、君，很多传统氏上赐姓连，中国或朝鲜移民的氏上赐姓主、史，其它的还有别、公、直、造、村主、稻置等等。最尊贵的姓是臣和连，其中在朝廷中身居高官者称大臣和大连。
日本人现在的所谓姓，其实应该写作“苗字”，除明治维新后新造的或附会的苗字外，主要来源是古代和中世纪为区别同姓异流而另起的称谓，和最初氏姓制度之姓，已经完全是两码事了。
从五世纪后半叶开始，中国分久必合的趋势日益明显，而朝鲜半岛也因新罗的崛起，即将摆脱三国鼎立的局面，倭国在半岛的殖民势力日渐萎缩。大和王朝还想挽狂澜于既倒，不停地渡海派发援军，但其造成的结果只能是地方贵族和百姓此起彼伏的反抗。479年，500名虾夷族士兵在西部发动叛乱。527年，筑紫国造〔国即郡，造即郡长官〕盘井掀起反旗，又占据“火、丰两国”，叛乱持续了一年零三个月之久。
到了六世纪中叶，部民制度因生产力的发展逐渐崩溃，许多贵族被迫解放部民，使其成为拥有一定人身自由，缴纳贡赋的农奴和小生产者。这就引发了大和朝廷中两种思潮的强烈斗争，即是因应这种社会形势进行改革，还是维持旧有的生产关系。前者以苏我氏为领袖，后者的代表家族则是物部氏。
●崇佛和排佛的斗争
社会改革的首要表象是宗教改革。苏我氏希望利用从大陆和朝鲜半岛传入的佛教思想，构建新的宗教体系，以压制地方贵族势力，完成因应社会需要的中央集权。苏我氏本是葛城氏的分支，其先祖苏我满智宿弥据说曾统辖过东汉、西文、秦等氏族——从这些氏族名称便可得知，他们大多源自于大陆移民。
与苏我氏相敌对，物部氏坚持倭国原有的纷繁复杂的氏神信仰，反对崇尚佛教。552年〔一说538年〕十月，百济的圣明王向大和国赠送了一尊释迦牟尼的鎏金佛像和若干经卷，在此佛像是否应由大和国王供奉的问题上，苏我、物部两氏展开了激烈的争论。当时的大和国王为钦明大王，苏我氏的首脑为大臣苏我稻目，而物部氏的首脑则是大连物部尾舆。
苏我稻目认为：“西方各国大都信奉佛教，我国怎能固步自封，拒不接受呢？”而物部尾與反驳说：“我国从来祭拜国神〔指各种本土氏神〕，如果改信外国神，恐怕会招致国神的愤怒。”钦明大王无从抉择，于是下令让苏我氏先尝试单独供奉佛像，看看效果如何，是最终外国神压倒国神，保佑苏我氏繁荣昌盛呢，还是国神压倒外国神，会使苏我氏遭逢灾祸呢？
崇佛和排佛的第一阶段斗争，以物部氏大获全胜而告终。就在苏我氏全族改变信仰后不久，大和国内突发瘟疫，死者无数，物部尾舆趁机跳出来煽动贵族们，说这都是因为佛教传入而招致国神的不满，降下疾病来警惕世人。因为苏我稻目曾将两个女儿都嫁给钦明大王，生下多位王子、王女，权势颇大，物部氏无法将其一朝扳倒，所以只能奉旨出兵，查封佛寺，烧毁佛像——从此两族仇深似海。
571年，钦明大王去世，传位于敏达大王。577年十一月，百济再次来凑热闹，献上经论及造佛像和建寺的技术工人，佛教再度流行开来。苏我稻目之子苏我马子趁机重新掀起崇佛的舆论，在自己石川的宅邸内建造佛殿，却也再度遭到物部氏的破坏。流行病也赶巧，又一次发挥作用，不过这次不是在毁佛之前，而发生在毁佛以后，大和国内流行疮疥，连敏达大王也被感染到了，全身长满了癞疮。苏我马子于是进言，说这就是不尊佛教的结果，佛陀将召国王前往西方极乐世界去也。敏达大王害怕了，只好同意苏我一族继续供佛。
585年，敏达大王病逝，用明大王即位，崇敬佛法。用明大王在位仅两年就死了，苏我、物部两族围绕着王位继承人问题，重新又展开激烈的冲突，甚至发展到你死我活的地步。苏我马子原意立敏达大王的王后、自己的外甥女炊屋姬为女王，而物部尾舆之子物部守屋则打算拥立用明大王的异母弟穴穗部。587年七月，苏我马子奉炊屋姬之命处死穴穗部，随即发兵包围了物部守屋的住宅。经过顽强的抵抗，物部守屋众寡不敌，终于被杀，从此大和朝廷呈现出苏我氏一族独大的局面——苏我马子可以说是日本史上的第一位权臣。
苏我马子最终拥戴用明大王的另一个弟弟泊濑部为王，即崇峻大王，他自己则飞扬跋扈，独霸朝纲。然而崇峻大王并非甘当傀儡的傻小子，他对苏我马子的专断十分反感，某次藉着有人进献野猪的机会感叹说：“何时能断朕所嫌恶之人，如同斩断此畜牲的脖子！”一语招祸，苏我马子听闻此事，就派亲信东汉直驹刺杀了崇峻大王，然后他又把东汉直驹杀了灭口。
大概苏我马子认为还是女人比较好控制一点，于是重提前议，擅自拥立炊屋姬为女王，即日本历史上鼎鼎大名的推古女王。
●圣德太子的改革
苏我氏的权柄，并未因推古女王的即位而更加稳如泰山，推古女王根本不买亲舅舅苏我马子的帐。苏我马子曾经请求受赐葛城的领地，但是女王推托说：“我是苏我家的女子，舅舅提出的要求，从来晚上提出的不会等到天亮，白天提出的不会拖到天黑，总会尽快办理。但此次舅舅的请求太过分了，如果今天无故割取县邑下赐，后代国王必会骂我是愚痴妇人君临天下！”婉拒了苏我马子的无理要求。
女王即位的第二年，册封用明大王的遗子厩户为东宫，同时授予他“摄政”的头衔，用意大概是想分夺苏我氏的权柄吧。厩户素有贤名，既虔信佛教，也仰慕中国尊王大一统的思想，从某种意义上来说，他的理想和苏我马子是殊途同归的。然而马子只知道擅权，厩户却希望从根本上改革旧制，建立全新的国家体系。后世尊称厩户为圣德太子。
圣德太子执政的时代，我国终于结束了长期分裂，建立起强大的隋朝。太子有感于此，派人西行考察隋的政治制度，开始着手进行一系列改革，试图建立以天皇〔大王〕为中心的封建中央集权制。他的改革措施，主要有制定冠位（官僚体制的滥觞）、制定宪法、提倡佛教、恢复中日邦交和编纂史书，等等。
先说制定冠位。冠位分十二阶，即大德、小德、大仁、小仁、大礼、小礼、大信、小信、大义、小义、大智和小智，这东东始于推古女王十二年，最早只是授予贵族的荣誉头衔，是想在臣、连等氏姓外，另造一种以才能、功绩为重，而不以氏族大小为重的贵族体系，并逐渐将其转化为官僚体系——所以冠位起初大多授予畿内及其周边地区的中下等贵族。
同年还制定了十七条宪法，大肆宣扬中国的儒学思想，鼓吹三纲和五常。《宪法》并非真正意义上的法律，它更象一本思想品德教科书，给倭国人灌输“国靡二君，民无两主；率土兆民，以王为主”的封建大一统思想。圣德太子知道改革是无法一蹴而就的，旧氏姓势力依然庞大，无法一旦扫尽，只好先“教化”他们，先树立拥王的道德准则，等时机成熟后再推出全新的制度。
不过儒家的思想终究并不完全符合倭国的国情，此后屡经扭曲和利用，日本之儒和中国之儒早就大相径庭了。况且儒家思想并不容易那么快就深入人心，圣德太子在思想领域对变革所作的准备，最成功的还是崇佛。尊崇佛教，为的是宣扬众生平等和因果报应，一方面削弱人民的反抗，另方面也藉此打破旧的等级制度，结束等级森严的氏姓奴隶制。
圣德太子的很多改革措施都是向中国学的，所以他多次遣使通好隋朝，恢复中日邦交，以从大陆学习更多的先进文化。607年，小野妹子初次使隋，所携带的国书称“日出处天子致书日没处天子无恙”，次年二度使隋，国书中却变了称号，说“东天皇敬白西皇帝”——这是最早的日本君主称“天皇”的记载，大概大和朝廷想要和隋朝平等建交，觉得中国君主称“皇帝”，而大和君主才称“大王”，实在太丢面子了〔一说日本君主自称天皇，要在唐高宗上元元年也即公元674年以后〕。
圣德太子的改革，是其后“大化改新”的滥觞和准备，他在物质领域基本上没起到任何作用，但在精神领域却开教化之先，为其后更进一步的改革奠定了理论基础。而其后的改革者为了这个理论基础，也把圣德太子捧得高高的，推崇为圣人，然而事实上，权臣当道的时候，哪有圣人立朝的可能？
从六世纪中叶佛教传入，一直到645年大化改新，这一百年间的文化被称为“飞鸟文化”——因为当时大和朝廷建都于奈良盆地南部的飞鸟地区。飞鸟文化佛教味道非常浓厚，这是和掌权的苏我氏族，以及圣德太子的努力分不开的。这一时期，也是倭国从奴隶制向封建制过渡的转型期。
圣德太子的改革是有其社会基础的，当时部民制逐渐崩溃，贵族们大量兼并田地，出租给百姓耕种，大量部民转化为农奴或佃农。苏我氏在宗教改革方面，曾经是具有先进性的，然而他们在掌握了权力以后，却不希望变革同时影响到社会经济层面，转过头来成为改革的绊脚石。擅权不怕、跋扈不怕，但如果想要阻碍历史车轮的前进，那就只有覆灭一途了。
●苏我父子的擅权和覆灭
622年，圣德太子没能戴上自己制定的“天皇”的桂冠，就病殁于斑鸠宫，四年后，苏我马子去世，又两年，推古女王也去世了。继苏我马子为大臣的是其子苏我虾夷，他和叔父境部摩理势商量天皇继嗣问题，虾夷主张立敏达大王的孙子田村皇子，而摩理势则主张立圣德太子的儿子山背大兄王。当时苏我全族都在苏我马子的坟前建庐守丧，摩理势自焚其庐，跑回家去，以示在如此重大的问题上绝不妥协。苏我虾夷派人劝他说：“大家说的都错，就你说的对，我一定会遵照你的意见办理，大家说的都对，就你不开窍，我当然要违背你的意见。你不要执迷不悟，咱们两人若相争斗，国家必乱，后人也会说是你我二人败国，徒留千载恶名，何苦来呢？你别再和族人对着干了！”
这番话与其说是劝告，不如说是威胁，摩理势当然不肯听从，逃去泊濑王〔圣德太子之子〕府上藏了起来。不过他也真倒霉，没多久泊濑王就去世了，摩理势无从依靠，被迫和苏我虾夷兵戎相见，兵败被缢杀。于是苏我虾夷拥立田村皇子继位，即舒明天皇。
舒明天皇在位十三年，没有多大的建树，而苏我虾夷及其子苏我入鹿日益嚣张跋扈，引发了因圣德太子改革而得以参与朝政的很多中小贵族的不满，传说为物部一党的残裔中臣镰足是他们的首脑，而山背大兄王则是他们的精神领袖。
641年，舒明天皇在百济宫去世，苏我虾夷学他老爹马子的做法，不立天皇之子，而立皇后宝皇女〔同时也是舒明天皇的侄女〕为天皇，这就是日本历史上的第二位女主——皇极女帝。
苏我虾夷想使苏我氏的权势代代煊赫，着力培养其子入鹿，自行授予他“大德”的紫冠，使掌控朝政。苏我祖孙父子，一个比一个张狂，到了入鹿时代，出入仪仗等同于天皇，苏我家子女都称王子，俨然不是大臣，而是倭国真正的统治者。为了打击反对势力，更为了使有苏我家血统的古人大兄皇子可以顺利成为下一任天皇，入鹿还派兵袭击山背大兄王，迫其自杀。
这一举动，使得皇子们人人自危，认定若不及早诛杀苏我入鹿，自己的性命也会如同山背大兄王一般不保。于是中臣镰足等人就与舒明天皇和皇极女帝所生的葛城皇子——又称中大兄皇子——联起手来，伺机铲除苏我一门。
645年六月，朝鲜半岛三国——高句丽、百济、新罗——都派使节来到倭国，与大和朝廷修好，按照礼仪，大臣苏我入鹿必然出席，同时由仓山田石川麻吕〔日本汉字，写作上麻下吕〕宣读表文。这位仓山田石川麻吕也是中大兄皇子一党，建议趁此机会诛杀苏我入鹿。
六月十二日，皇极女帝、古人大兄皇子和群臣都来到太极殿，准备接见三国来使。中臣镰足设计解除了苏我入鹿须臾不离身的配剑，而中大兄皇子则命令禁军锁闭了十二道宫门，只等仓山田石川麻吕宣读表文时，佐伯连子麻吕等刺客就冲出去取了入鹿的性命。
然而事到临头，佐伯连子麻吕等人却胆怯了，仓山田石川麻吕表文即将读完，却不见有人动手，以为阴谋败露，不禁浑身打颤。苏我入鹿并非蠢人，看到这种情形，心知有异，假装询问说：“何故发抖？”仓山田石川麻吕支支吾吾地回答说：“因为站在天皇面前，感觉十分紧张。”眼看计划就要破产，隐藏在暗处的中大兄皇子一不作二不休，干脆亲自动手，大吼一声跳将出来，一剑砍伤苏我入鹿的肩膀。苏我入鹿匆忙躲避，但受中大兄皇子这一剑所鼓舞，佐伯连子麻吕等刺客也勇气倍增，纷纷蹿出，砍伤了苏我入鹿的腿脚。
苏我入鹿自知无法逃脱，于是跪在皇极女帝面前，口称“臣不知罪”。皇极女帝惊慌地询问中大兄皇子，中大兄皇子伏地上奏说：“苏我入鹿谋杀皇子们，想要倾覆帝位，以苏我氏代替皇统，罪不可赦！”皇极女帝看他从容的样子，自知是有备而来，此事断难善罢甘休，于是长叹一声，转身退入内宫。中大兄皇子一声吆喝，众人乱剑齐下，把苏我入鹿斩成了肉酱。
中大兄皇子随即率部入驻法兴寺，筑城备战，还把苏我入鹿的尸体还给其父苏我虾夷，等于下了战书。不满苏我氏专权的皇族和贵族们纷纷前来投效，苏我氏宏伟的大厦瞬间崩塌，虾夷知道大势已去，便于家宅内纵火自焚而死——可惜的是，他当年奉圣德太子之命编纂的史书《天皇记》和《国记》，也就此化为了灰烬。
经此政变，皇极天皇决意退位，让给中大兄皇子。中大兄皇子喜出望外，正打算接受，却受到中臣镰足的劝阻。镰足的意思很明确：你发动政变，是为国除奸，不是为了个人的野心，如果就此继位，后世将说你是逼宫篡位之君。当然他表面上没这样说，他编的说辞是：“古人大兄皇子是您的兄长，轻皇子是您的舅舅，如果越过他们继承皇位，有悖长幼之序，孝悌之礼。”天晓得，日本的继承制度从来不讲长幼，所谓孝悌等儒家礼法也是才刚输入的泊来品。
中大兄皇子接受了中臣镰足的谏言，推戴轻皇子，轻皇子还想让给古人大兄皇子，古人大兄皇子一想：当初支持我的是苏我入鹿，现在入鹿已死，我若继承皇位，那不是凶险万分吗？于是坚辞不受，甚至削发出家?